Facturación para profesionales de la salud

Por qué la sanidad factura de forma distinta al resto de autónomos

Si vienes de otro sector, lo primero que sorprende al empezar a facturar como sanitario es que tus facturas normalmente no llevan IVA. No es un error ni una simplificación: es una exención recogida expresamente en el artículo 20.uno.3º de la Ley 37/1992 del IVA, pensada para no encarecer el acceso a la asistencia sanitaria. Se aplica a la asistencia prestada a personas físicas por profesionales médicos o sanitarios, con independencia de quién pague la factura: el propio paciente, una aseguradora o una clínica.

La ley considera profesionales sanitarios a efectos de esta exención, entre otros, a médicos, odontólogos y estomatólogos, fisioterapeutas, enfermeros, psicólogos, logopedas, ópticos-optometristas y podólogos, siempre que cuenten con la titulación y, cuando proceda, la colegiación correspondiente. La exención no depende del formato jurídico en que trabajes: se mantiene aunque factures a través de una clínica o una sociedad, siempre que el servicio material lo preste el profesional sanitario. Esta particularidad hace que muchos sanitarios que se dan de alta como autónomos por primera vez se sorprendan al comprobar que su programa de facturación genérico no contempla bien esta exención por defecto, y terminen emitiendo facturas con errores que luego hay que corregir.

Cuándo tu factura lleva IVA y cuándo no

La clave para saber si una factura debe llevar IVA no es la profesión, sino la finalidad del servicio. La exención cubre las actuaciones orientadas al diagnóstico, prevención, tratamiento o alivio de una enfermedad o problema de salud. Si el servicio no persigue ese fin terapéutico, la exención desaparece y hay que repercutir IVA al tipo general del 21%.

Cada caso puede tener matices; ante la duda, conviene consultar con una gestoría especializada en el sector sanitario.

Qué debe llevar una factura sanitaria correcta

Estés exento de IVA o no, la obligación de facturar no desaparece. Una factura completa a un paciente o a una clínica debe incluir, como mínimo, tu nombre y NIF, el nombre y NIF del destinatario (salvo que emitas factura simplificada a un particular), un número correlativo, la fecha, la descripción del servicio, el importe y, si corresponde, la mención expresa a la exención de IVA aplicada, por ejemplo «Operación exenta de IVA según el artículo 20.uno.3º de la Ley 37/1992».

Retención de IRPF: la otra cara de la factura

Que no haya IVA no quiere decir que no haya retención. Si facturas a otra empresa o profesional (por ejemplo, colaboras con una clínica que te subcontrata, o facturas a una aseguradora que te trata como profesional independiente), la factura debe incluir una retención de IRPF a cuenta, normalmente del 15%, reducida al 7% durante el año de inicio de actividad y los dos siguientes. Si facturas directamente a un particular, no se aplica retención.

Verifactu en la consulta sanitaria

El nuevo sistema Verifactu, derivado del Real Decreto 1007/2023, obliga a que el software con el que emites tus facturas genere registros encadenados, incorpore un código QR de verificación y, en la modalidad Verifactu, comunique los datos a la Agencia Tributaria en tiempo real. Tras el aplazamiento aprobado a finales de 2025, el calendario actual fija el 1 de enero de 2027 para sociedades y el 1 de julio de 2027 para autónomos y profesionales. Te interesa especialmente si usas un TPV en consulta para cobrar con tarjeta o si emites muchas facturas simplificadas a pacientes; consulta nuestra guía de Verifactu para autónomos para preparar la transición con tiempo.

Qué necesita un software de facturación pensado para sanidad

No todos los programas de facturación generalistas cubren bien las necesidades de una consulta sanitaria. Antes de elegir uno, conviene revisar que incluya estas funciones:

• Gestión de la exención de IVA como opción predefinida, sin tener que forzarla factura a factura.
• Agenda de citas integrada con la facturación, para generar el cobro directamente al finalizar la consulta.
• Historial de pacientes con datos de contacto y NIF guardados de forma segura, cumpliendo el RGPD.
• Compatibilidad con Verifactu, con QR y registro encadenado ya integrados de fábrica.
• Facturación recurrente para bonos de sesiones o tratamientos periódicos.
• Emisión de recibos y facturas simplificadas ágil, pensada para consultas con mucho volumen de pacientes al día.

Distribución habitual del gasto de una consulta sanitaria autónoma

A modo orientativo, así suele repartirse el gasto mensual de un profesional sanitario autónomo con consulta propia, sin contar sus honorarios:

Distribución orientativa según el tipo de consulta y la comunidad autónoma; puede variar de forma notable de un caso a otro.

El seguro de responsabilidad civil, casi imprescindible

Aunque no siempre es obligatorio por ley, muchos colegios profesionales sanitarios exigen a sus colegiados disponer de un seguro de responsabilidad civil profesional para poder ejercer. Cubre las indemnizaciones derivadas de una reclamación de un paciente por un daño relacionado con la atención prestada. Si todavía no tienes uno, puedes comparar opciones en nuestra guía del mejor seguro para autónomos.

Facturar a mutuas, aseguradoras y clínicas colaboradoras

Muchos sanitarios autónomos no trabajan solo con pacientes particulares: también facturan a mutuas de accidentes de trabajo, aseguradoras de salud o clínicas con las que colaboran de forma habitual. En estos casos conviene distinguir bien el papel que juegas: si actúas como profesional independiente que presta un servicio sanitario a la aseguradora o clínica, la factura sigue exenta de IVA por la naturaleza del servicio, pero debe llevar retención de IRPF, salvo que factures como sociedad mercantil sujeta a otro régimen. Es habitual que estas entidades exijan facturas mensuales agrupadas por paciente o por sesión, con un detalle suficiente para su propia contabilidad, algo que un programa de facturación con plantillas personalizables resuelve mucho más rápido que un Excel.

Otra situación frecuente es la de los sanitarios que alquilan un gabinete dentro de una clínica y pagan un porcentaje de sus ingresos como «alquiler de sala» o canon de colaboración. En ese caso conviven dos flujos de facturación: el que tú emites a tus pacientes, exento de IVA, y la factura que recibes de la clínica por el uso del espacio, que si es un simple alquiler de local sí suele llevar IVA. Mantener ambos circuitos separados y bien documentados facilita mucho la contabilidad trimestral y evita confusiones si Hacienda pide justificación.

Modelo 130 e IRPF trimestral en la consulta sanitaria

Al margen del IVA, la actividad sanitaria tributa igual que cualquier otra actividad económica en el IRPF. Si estás en estimación directa, cada trimestre debes presentar el modelo 130, calculando el 20% del rendimiento neto del trimestre (ingresos menos gastos deducibles) y descontando, si procede, las retenciones ya practicadas en las facturas emitidas a empresas o clínicas. Entre los gastos deducibles más habituales de una consulta sanitaria están el alquiler del local, los suministros, el material clínico fungible, el seguro de responsabilidad civil, la cuota colegial, la formación continuada obligatoria para mantener la colegiación y, en su parte proporcional, los gastos del vehículo si lo usas para desplazamientos a domicilios o centros hospitalarios.

Digitalizar el cobro en consulta con un TPV

Cada vez más consultas cobran con tarjeta o bizum en lugar de efectivo, lo que exige integrar un TPV con el programa de facturación para que cada cobro genere automáticamente su factura o ticket. Esta integración es especialmente útil de cara a Verifactu, ya que evita que existan cobros por un lado y facturas por otro sin conexión entre ambos, uno de los puntos que más revisa la Agencia Tributaria en las inspecciones a negocios con atención directa al público. Si todavía cobras con datáfonos sueltos y facturas aparte, es buen momento para evaluar un TPV integrado antes de que se acerque la fecha límite de adaptación de tu negocio.

Errores frecuentes al facturar en el sector sanitario

Los errores más habituales que vemos en consultas sanitarias autónomas son aplicar la exención de IVA a servicios que en realidad no la tienen, como algunos tratamientos estéticos; olvidar la retención de IRPF cuando se factura a una clínica o aseguradora en lugar de a un particular; y no guardar un histórico ordenado de facturas simplificadas, algo que complica la contabilidad al llegar la declaración de la renta. Llevar la facturación con un programa adaptado al sector, en lugar de plantillas sueltas, evita la mayoría de estos problemas.